Očistenú a vydlabanú dyňu dáme piecť do rúry pri teplote 200 °C približne 40 minút. Po upečení ju necháme vychladnúť, zbavíme šupky a rozmixujeme na hladké pyré.
V miske si vyšľaháme maslo s cukrom a postupne pridávame vajíčka. Zmes šľaháme približne 3 minúty a nakoniec pridáme dyňové pyré a všetko spolu prešľaháme.
V druhej miske si zmiešame múku, kypriaci prášok, sódu bikarbónu, škoricu a perníkové korenie. Všetko spolu preosejeme k tekutým ingredienciám a prešľaháme, aby sa ingrediencie prepojili. Do cesta vložíme nasekanú čokoládu a naplníme košíčky.
Cupcaky pečieme pri 180 °C približne 25 minút. Po upečení ich necháme vychladnúť.
Medzitým si pripravíme krém. Zmiešame syr s mascarpone a postupne pridávame cukor a kakao. Vychladnuté cupcaky ozdobíme krémom a posypeme nastrúhanou čokoládou.